Khoa Hệ thống thông tin có định hướng nghiên cứu gắn liền với các vấn đề thực tiễn của chuyển đổi số, trí tuệ nhân tạo và quản lý hệ thống thông tin trong môi trường doanh nghiệp và tổ chức hiện đại. Các chủ đề nghiên cứu tập trung vào: khai phá và phân tích dữ liệu, blockchain, IoT, quản trị hệ thống thông tin, thương mại điện tử, hành vi người tiêu dùng trong môi trường số, và giáo dục số. Cùng với 02 Phòng nghiên cứu (Phòng nghiên cứu Kinh doanh thông minh - BI Lab và Phòng nghiên cứu AI ứng dụng trong Kinh tế và Kinh doanh (BAAI Lab) trong đơn vị, Khoa thúc đẩy nghiên cứu ứng dụng thông qua sự hợp tác với doanh nghiệp, cơ quan nhà nước và tổ chức quốc tế, đồng thời khuyến khích công bố khoa học trong các tạp chí uy tín và hội nghị chuyên ngành. Sinh viên và học viên cũng được khuyến khích tham gia vào hoạt động nghiên cứu từ sớm thông qua các đề tài, dự án học thuật và thực tiễn.